Hướng dẫn Luật Thuế GTGT 2026: Những điểm doanh nghiệp cần cập nhật

Nhiều doanh nghiệp, hợp tác xã thu mua nông sản, thủy sản tại Đồng Tháp và khu vực Đồng bằng sông Cửu Long vẫn còn lúng túng khi xác định mặt hàng nào chịu thuế GTGT, mặt hàng nào không, và có phải xuất hóa đơn kê khai thuế GTGT đầu ra khi mua nông sản từ doanh nghiệp khác hay không. DR9 tổng hợp lại khung quy định hiện hành theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP để doanh nghiệp, hộ kinh doanh chuyển đổi lên công ty nắm đúng, tránh kê khai sai dẫn đến bị truy thu hoặc mất quyền khấu trừ.

Nghị định 181/2025/NĐ-CP là văn bản gì

Nghị định 181/2025/NĐ-CP được Chính phủ ban hành và có hiệu lực cùng ngày 01/7/2025 (Bộ trưởng Bộ Tài chính Hồ Đức Phớc ký), quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 (ban hành 26/11/2024) — thay thế Nghị định 209/2013/NĐ-CP trước đây. Văn bản gồm 4 chương, 40 điều và 5 phụ lục (danh mục khoáng sản, mẫu biểu hoàn thuế…).

Lưu ý: tính đến thời điểm bài viết (04/9/2026), Nghị định 181/2025/NĐ-CP đã qua 2 lần sửa đổi, bổ sung — Nghị định 359/2025/NĐ-CP (ban hành 31/12/2025) và Nghị định 144/2026/NĐ-CP (ban hành 05/5/2026, hiệu lực từ 20/6/2026). Bài này trình bày khung quy định nền tảng đang áp dụng; các điểm sửa đổi quan trọng — đặc biệt cơ chế thuế GTGT cho nông, lâm, thủy sản mua bán giữa doanh nghiệp — sẽ được trình bày ngay trong phần dưới đây và trong bài viết chuyên sâu tiếp theo về Nghị định 359/2025/NĐ-CP.

Đối tượng chịu thuế và các mức thuế suất

Thuế GTGT áp dụng cho tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ và nhập khẩu tại Việt Nam, trừ các trường hợp không chịu thuế quy định tại Điều 5 Luật Thuế GTGT. Ba mức thuế suất chính:

• 0% — áp dụng cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, với điều kiện chặt chẽ hơn so với trước: phải có hợp đồng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, và tờ khai hải quan hợp lệ.
• 5% — áp dụng cho nhóm hàng hóa, dịch vụ thiết yếu theo danh mục quy định (trong đó có một số sản phẩm nông nghiệp qua chế biến).
• 10% — mức phổ thông, áp dụng cho hàng hóa, dịch vụ không thuộc 2 nhóm trên.

Điểm doanh nghiệp thu mua nông sản, hợp tác xã cần đặc biệt lưu ý

Đây là điểm hay gây vướng mắc nhất với các doanh nghiệp, hợp tác xã thu mua nông, lâm, thủy sản tại khu vực Đồng bằng sông Cửu Long:

• Sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường (nuôi trồng, đánh bắt, chưa chế biến thành sản phẩm khác) do tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra ở khâu kinh doanh thương mại thuộc diện không chịu thuế GTGT. Các phương pháp sơ chế thông thường được chấp nhận (vẫn coi là chưa chế biến): xay xát, đánh bóng hạt, chia tách thành từng phần, băm, lột da, nghiền, cán mỏng, đóng hộp kín khí — không làm thay đổi phân loại thuế của sản phẩm.
• Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua lại nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường từ doanh nghiệp khác (khâu kinh doanh thương mại, không phải mua trực tiếp từ người sản xuất) thì không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT đầu ra, nhưng vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào tương ứng — quy định này được bổ sung tại khoản 1b Điều 4 Nghị định 181/2025/NĐ-CP theo Nghị định 359/2025/NĐ-CP, áp dụng từ ngày 01/01/2026.

Doanh nghiệp, hợp tác xã cần phân biệt rõ 2 trường hợp: mua trực tiếp từ người sản xuất/đánh bắt (không chịu thuế GTGT ngay từ đầu) và mua lại từ một doanh nghiệp/tổ chức kinh doanh khác đã mua trước đó (thuộc diện không phải kê khai/tính nộp nhưng vẫn khấu trừ đầu vào theo quy định mới) — 2 cơ chế có bản chất khác nhau, cần đối chiếu đúng hồ sơ nguồn gốc hàng hóa khi hạch toán và kê khai.

Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào

Nghị định 181/2025/NĐ-CP siết chặt hơn điều kiện chứng từ thanh toán để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào:

• Ngưỡng bắt buộc thanh toán không dùng tiền mặt giảm xuống 5 triệu đồng (đã gồm thuế GTGT) — giao dịch mua hàng hóa, dịch vụ từ 5 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt mới đủ điều kiện khấu trừ.
• Mở rộng các hình thức được công nhận là thanh toán không dùng tiền mặt hợp lệ: bù trừ công nợ giữa các bên, thanh toán ủy quyền qua bên thứ ba, mua hàng trả chậm/trả góp — với điều kiện có hợp đồng, biên bản đối chiếu công nợ hoặc thỏa thuận ủy quyền rõ ràng.
• Hóa đơn đầu vào phải hợp pháp, ghi đầy đủ nội dung bắt buộc theo quy định về hóa đơn, chứng từ hiện hành.

Điều kiện hoàn thuế GTGT

Một số trường hợp hoàn thuế GTGT đáng chú ý:

• Cơ sở kinh doanh chỉ sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ áp dụng thuế suất 5% được hoàn thuế khi có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng liên tục (hoặc 4 quý liên tục).
• Hoàn thuế cho dự án đầu tư, hàng hóa xuất khẩu, và cơ sở kinh doanh trong giai đoạn giải thể, phá sản.
• Điều kiện chung: người nộp thuế thực hiện đúng chế độ kế toán, có tài khoản ngân hàng đăng ký với cơ quan thuế, và bên bán phải đã hoàn thành kê khai, nộp thuế, không còn nợ thuế tại kỳ tương ứng.

Doanh nghiệp, hợp tác xã cần lưu ý gì

• Rà soát lại quy trình thanh toán cho các giao dịch từ 5 triệu đồng trở lên — đảm bảo đủ chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để không mất quyền khấu trừ.
• Với doanh nghiệp, hợp tác xã thu mua nông, lâm, thủy sản: xác định đúng nguồn gốc hàng hóa (mua trực tiếp từ người sản xuất hay mua lại từ doanh nghiệp khác) để áp dụng đúng cơ chế thuế GTGT tương ứng, tránh kê khai nhầm dẫn đến thiếu thuế hoặc bỏ sót quyền khấu trừ.
• Chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, chứng từ khi có kế hoạch xin hoàn thuế GTGT — đặc biệt với cơ sở kinh doanh hàng hóa thuế suất 5%.
• Theo dõi thêm các nghị định sửa đổi tiếp theo (Nghị định 359/2025/NĐ-CP, Nghị định 144/2026/NĐ-CP) vì đây là lĩnh vực đang được điều chỉnh liên tục.

DR9 hỗ trợ doanh nghiệp, hợp tác xã rà soát thuế GTGT

Đội ngũ kế toán của DR9 hỗ trợ doanh nghiệp, hộ kinh doanh chuyển đổi và hợp tác xã tại Đồng Tháp và khu vực Đồng bằng sông Cửu Long rà soát đúng cơ chế thuế GTGT cho từng loại giao dịch, đặc biệt với ngành thu mua nông sản, thủy sản. Tham khảo dịch vụ kê khai thuế trọn gói cho SME của DR9. Doanh nghiệp cũng nên tìm hiểu thêm bài mức phạt vi phạm về thuế và hóa đơn 2026 để nắm đầy đủ các rủi ro liên quan khi kê khai sai.

Liên hệ DR9 để được tư vấn miễn phí

Câu hỏi thường gặp

Bài viết được biên soạn bởi Hiếu — Kế toán trưởng tại DR9, 20 năm kinh nghiệm ngành thuế – kế toán, trong đó 10 năm phục vụ trực tiếp doanh nghiệp, hộ kinh doanh và hợp tác xã tại Đồng Tháp. Nội dung căn cứ Nghị định 181/2025/NĐ-CP và Nghị định 359/2025/NĐ-CP, cập nhật ngày 04/9/2026.